准噶尔汗国强盛时期控制的地域，包括今天的新疆全部，中亚地区的哈萨克斯坦、吉尔吉斯斯坦、乌兹别克斯坦等国的一部，以及蒙古国和俄罗斯等国的一部分土地。准噶尔汗国如果从巴图尔珲台吉于明朝崇祯八年()执政算起，到乾隆二十年()达瓦齐被清军俘获为止，共存在了约年。如果从噶尔丹于康熙十八年()被西藏的达赖喇嘛册封为“博硕克图汗”算起，到乾隆二十年为止，共存在了76年。在准噶尔汗国存在期间，准噶尔汗国的主要执政者有巴图尔珲台吉、噶尔丹、策妄阿拉布坦、噶尔丹策零等人。
准噶尔部起源于卫拉特蒙古绰罗斯部，明代瓦剌也先即出于此部。年，瓦剌部右翼丞相阿刺知院攻杀也先，弟赛罕王、伯颜帖木儿迭知院同死于阿刺之乱，也先死后，其次子、汗国太师斡失帖木儿正率大军出征中亚。年左右，斡失帖木儿返回蒙古，平定了阿刺之乱，并且很快改变了东西蒙古的力量对比。到15世纪60年代末，由斡失帖木儿缔造的以绰罗斯人为主体的厄鲁特汗国形成，即明人所说的大瓦刺。厄鲁特汗国疆域东据漠北草原，西有天山北麓，北起林中百姓故地，南至哈密北山；称霸蒙古，通好中原，名扬中亚，“成化间，大抵瓦刺为强，小王子次之。”
如同历代蒙古高原的草原汗国，厄鲁特汗国也是左右两部分治的，厄鲁特汗国分为南北两大行政区域：南部称巴伦噶尔(右部)，斡失帖木儿之子克舍驻牧右部，为该部最高首领。北部称准噶尔(左部)，斡失帖木儿太师亲自驻帐左部，绰罗斯部的主要力量也在此部。此即准噶尔部名称的由来。而准噶尔汗国的形成强盛时期则是从噶尔丹开始。
噶尔丹，是巴图尔珲台吉之子，出生时就被认为是温萨活佛转世，温萨活佛，即尹咱呼图克图，是藏传佛教格鲁派的活佛，噶尔丹的前世第三世温萨活佛罗卜藏丹津扎木措，是第四世班禅和第一世哲布尊丹巴呼图克图的师傅。年，温萨三世受达赖喇嘛和四世班禅派遣，率团赴卫拉特，为格鲁派争取到援军，并与巴图尔珲台吉结下了情谊，年，回到西藏的温萨活佛圆寂。次年，噶尔丹出生，出生后，就被格鲁派认为是温萨活佛的转世灵童，十三岁（年），入藏在拉萨大昭寺举行祈愿大法会，接受温萨活佛的供养及礼品，并接受达赖喇嘛为他授法给顶。噶尔丹先拜班禅博克多为师学佛，后在达赖喇嘛门下学经，“达赖喇嘛之徒遍西域，而特重嘎尔旦，所语密，虽大宝法王、二宝法王不得与闻”。但噶尔丹并未潜心于佛门之道，而是“不甚爱梵书，惟取短枪摩弄”，并以西方回纥护法自居，“安知护法不生今日”。
年，巴图尔珲台吉去世，临终前，他立僧格(第五子，噶尔丹之同母兄)为绰罗斯部之主。年，二十三岁的噶尔丹回到准噶尔。
年冬，僧格被其同父异母兄车臣和卓特巴巴图尔袭杀。“七清(车臣)杀僧格，并其众，收其妻妾，释黄台吉而称汗。僧格妻阿奴慧而美，深爱噶尔丹，使人怀袒服，问至西域(西藏)。噶尔丹初微闻，建人告达赖喇嘛，下高楼，释僧服，向金山去。”噶尔丹还俗上位，噶尔丹的还俗之请，也得到了五世达赖喇嘛的同意和第巴桑结嘉措的支持。
康熙十年（年）初，噶尔丹博硕克图即位成为准噶尔之主，迅速召集了僧格旧部及一部分喇嘛，攻打了谋害僧格的车臣和卓特巴巴图尔。噶尔丹“独当先，越马挺枪，最深入，斩杀百十骑，溃其军”。车臣退至阿尔泰山口，噶尔丹追及展开决战，获得胜利。车臣身死，卓特巴巴图尔逃亡青海。噶尔丹在掌握准噶尔政权的步骤上迈出了坚实的一步。在这之前，噶尔丹已利用自己的地位和声望，争取到了卫拉特蒙古诸部支持。从此，噶尔丹“遂为所部长”，成了准噶尔政坛的风云人物。
噶尔丹在军事上击败了政敌车臣、卓特巴巴图尔的势力，承袭为准噶尔部大汗。执掌最高统治权后，“是时诸夏有滇、黔变，秦、蜀间峰起，噶尔丹谋所向。达赖喇嘛使高僧语之日：‘非时！非时！不可为’。噶尔丹乃止，其谋臣曰：‘立国有根本，攻取有先后，不可紊也。李克用之先世，发迹金山，根本不立，遂不能成大事，我太祖（指元太祖铁木真成吉思汗）初兴，灭国四十，奄有四万，然后促夏执金，混为一尊’。噶尔丹善其言，乃为‘近攻计’”所谓“近攻计”的具体步骤是先统一天山北路之卫拉特蒙古诸部，进而出兵天山南路，统治回疆，以确立准噶尔在天山南北广大地区的有效统治。
康熙十二年（年），噶尔丹借口其从兄第巴噶班第与僧格有隙，发兵讨伐巴噶班第及其父楚琥尔乌巴什，但出师不利，兵败受挫，求庇于鄂齐尔图车臣汗。不久，噶尔丹又与鄂齐尔图车臣汗反目为仇，康熙十四年（年），鄂齐尔图车臣汗与楚琥尔乌巴什联兵进攻噶尔丹，但失败。次年，噶尔丹主动出击，擒获楚琥尔乌巴什，杀其子巴噶班第，迫使巴噶班第之子憨都逃往额济纳河，“与野兽同群”。接着又于康熙十六年（年）正月二十日，噶尔丹“自斋尔的特莫火拉地方向鄂齐尔图车车臣汗发起攻击”，“戕鄂齐尔图，破其部”。鄂齐尔图车臣汗的部众部分为噶尔丹所并，部分逃到青海、甘肃交界处，其妻多尔济拉布坦则率少数随众逃往伏尔加河畔的土尔扈特汗国。击败和硕特部首领兼卫拉特盟主的鄂齐尔图汗后，噶尔丹遂成为卫拉特汗，年又获得达赖喇嘛的赠号“博硕克图汗”，成为也先之后又一位自称大汗的雄主，噶尔丹业实现了“胁诸卫拉特奉其令”的目标。
噶尔丹近攻计的第二个战略步骤是征服天山南路的回疆地区。此时，统治天山南路的察合台后王势力已衰，维吾尔族的封建势力——和卓势力日益强大，和卓势力中分成了白山派和黑山派，彼此利害冲突，严重对立。康熙九年()，叶尔羌汗国境内的伊斯兰教黑山派群众发动大规模的暴动，并得到汗国一部分当政者的支持。暴动者不但杀死了伊斯兰教白山派的首领玉素甫，而且也杀死了支持自山派的尧乐巴斯汗。黑山派掌握叶尔羌汗国的权力后，对白山派群众进行各种迫害活动，白山派首领阿帕克和卓也被驱逐出境，后来，阿帕克和卓流亡到西藏，会见了达赖喇嘛，请求达赖喇嘛帮助自己。这时西藏的达赖喇嘛不仅与噶尔丹关系密切，而且还亲自册封噶尔丹为博硕克图汗。达赖喇嘛会见阿帕克和卓后，立即给噶尔丹写信，并交由阿帕克和卓亲自带往伊犁转交给噶尔丹。噶尔丹接到达赖喇嘛的信后，认为这是准噶尔汗国出兵天山南扩大自己势力范围的大好机会，立即进行出兵天山南部的准备。康熙十九年（年)噶尔丹亲率骑兵1.2万人，在阿帕克和卓的引导下，翻越天山，进入天山南部。准噶尔军队经乌什、阿克苏，没有遭遇多大抵抗，便一举攻占喀什噶尔，杀死叶尔羌汗国的伊斯玛仪汗之子和当地的阿奇木伯克巴巴克。噶尔丹这次出兵天山南部，不仅直接带来了存在余年的叶尔羌汗国的灭亡，而且首次确立了准噶尔汗国在“回部”地区的统治地位，统一了天山南北。自此以后，准噶尔贵族统治南疆达80余年之久。
噶尔丹在天山南路的统治确立前，即着手加强军事集权统治体制。—年，噶尔丹发布了一项敕令，不允许准噶尔各爱玛克居民自由迁徙，要求所属官员不延误税赋征收，并采取一系列保证兵源，改善作战装备的措施，史载：“作小连环锁甲，轻便如衣。射可穿，则杀工匠，又使回教火器，教战，先鸟炮，次射，次击刺。令甲士持鸟炮短枪，腰弓矢佩刀。骆驼驮大炮，出师则三分国中人相更番，远近闻之咸慑服”。使准噶尔骑兵的战斗力大大增强。与此同时，还采取一些发展生产的措施，噶尔丹“乃招徕归附，礼谋臣，相土宜，课耕牧，修明法令，信赏罚，治战攻器械”，一时准噶尔“资用报备，不取给远方”。
康熙二十年（年）之后，噶尔丹又连年向西扩张，年至年，噶尔丹率骑进攻哈萨克的头克汗，头克汗用计打败准噶尔部。噶尔丹虽“丧师返国，未尝挫锐气，益征兵训练如初”，并遣使警告“汝不来降，则自今以往，岁用兵，夏蹂汝耕，秋烧汝稼，今我年未四十，迨至于发白齿落而后止。”年，噶尔丹再发兵，攻占塔什干、赛撒马尔罕、布哈拉、乌尔根齐等城市，擒获头克汗之子作为人质，押往西藏，“以畀达赖喇嘛”，使哈萨克之地成为西蒙古准格尔部的领土的组成部分之一，至此，哈萨克的大玉兹和中玉兹成为了准噶尔汗国部分。
随后，准噶尔兵锋直抵锡尔河沿岸的诺盖人部族聚居区—“美人国”。—年噶尔丹与费尔干纳的布鲁特人、乌兹别克人进行战争。年秋在远征布鲁特人时，其部队到了帕米尔的穆尔加布河，甚至远征到了萨雷阔里山。不久，准噶尔骑兵又占领了费尔干纳使乌兹别克汗国成为其藩属。
到17世纪70年代末，噶尔丹“近攻计”的战略目标均已实施，西征也取得了可喜的战绩。此时，噶尔丹已将准噶尔的政治中心转移到了伊犁河谷，冬营地则有额尔齐斯河、博尔塔拉等地。此时准噶尔的统辖地域，北鄂木河，沿额尔齐斯河溯流而上，抵阿尔泰山，西抵巴尔喀什湖以南哈萨克人的游牧地，东达鄂毕河。准噶尔还统治了天山南路的南疆地区，并将自己的势力扩展到七河流域与伊塞克湖地区，年，噶尔丹还派人到西伯利亚叶尼塞河流域的图巴河沿岸图巴族聚居区活动。
噶尔丹在实施“近攻计”并取得节节胜利的同时，展开了积极的对俄外交活动。噶尔丹对沙俄既表示友好和接近，也不时借贡民问题作为要挟码，以便从沙俄处获取更多的支持。当时双方人员往来频繁，据一位西方学者统计，年至年，除年外，噶尔丹每年均遣人前往俄国。年，沙俄政府借护送僧格派往莫斯科交涉的代表涅乌芦思返回准部之机，派遣卡尔瓦茨基到噶尔丹牙帐活动。噶尔丹接见了卡尔瓦茨基，要求他转告沙俄当局不要阻拦噶尔丹的代表，并遣送他们去莫斯科，同时还要求沙皇“把过去几年从各卫拉特王公处迁往俄国境内的臣民予以送还”。
自年以来，噶尔丹翦除政敌，兼并扩张，接连获胜，踌躇满志。在噶尔丹看来，“和俄国结盟才有可能征服蒙古”，因而采取了“北通好于俄罗斯”的方针。沙俄想利用噶尔丹实现其侵略我国西北地区的野心，而噶尔丹则想利用沙俄力量来牵制清政府，噶尔丹成为了俄国的“天然同盟者”。
这样，噶尔丹内部一统天山南北，将准噶尔汗国扩张到了中亚地区，外有沙俄这一强援，于是就将目光投向了东部的清朝，“有远攻之心，而日简练部落……日以益盛。”